Lors le développement d'un gros projet de site j'ai eu besoin de modifier la propriété innerHTML, de multiples div, td et autre.

Le problème est que dans certains cas, avec Opera, seule une partie de l'écran est redessinée ce qui peut poser des problèmes à l'affichage, qui disparaissent des que l'on fait défiler la page.

Pour forcer a redessiner tout l'écran il suffit de faire défiler la page une fois les modifications effectués.

function cleanPage() {
	// Force le réaffichage de tout l'ensemble (évite bugs d'affichage)
	window.scrollBy(0,1);
	window.scrollBy(0,-1);
}

Bien sur ça fait vibrer la page pour les animations c'est pas terrible mais pour l'affichage d'un panneau de sélection c'est tolérable. De plus la page doit être assez grande pour pourvoir la faire défiler.