Par défaut rsync avec l'option --delete supprime les fichiers qui ont disparus de la source avant tout transfert.
Lorsque le fichier a été tout simplement supprimé de la source ça ne pose pas de problème. Par contre si le fichier a été déplacé à un autre endroit c'est plus embêtant car il y a un moment où le fichier n'est plus dupliqué sur le serveur de backup.
Pour éviter ce petit soucis il faut ajouter l'option --delete-after pour que les fichiers soit supprimés après la copie et plus avant.
Par exemple :
rsync -avz --delete --delete-after --rsh=ssh --bwlimit=80 --exclude=/tmp/** --exclude=/proc/** --exclude=/dev/** --exclude=/sys/** root@my_server:/ /media/disque2/dedi_backup
Voir aussi le billet sur rsync